Chaque année autour de la date du 15 janvier, plus de 150 000 ornithologues bénévoles dénombrent environ 1,5 milliard d’oiseaux dans près de 50000 zones humides référencées dans 180 pays. Il s’agit surtout de canards et de limicoles, mais aussi des hérons, des grues, des cigognes, etc. L’enjeu de conservation est double : protéger ces espèces et préserver les zones humides sur leurs voies de migration.
Le comptage Wetlands n’est pas exhaustif. En France, l’opération est effectuée sur un échantillonnage de sites représentant les zones humides les plus importantes. Il mobilise plus de 1500 bénévoles qui arpentent chaque année les quelques 533 sites identifiés. La LPO centralise les données par le biais de la plateforme de saisie Faune France et produit une synthèse annuelle des résultats pour le territoire métropolitain. Un indicateur de l'état de santé des zones humides basé sur l'évolution des populations de 66 espèces d’oiseaux d'eau hivernants est également mis à jour chaque année depuis 1980 à partir de ce comptage.
Comparées d’une année sur l’autre, les données recueillies permettent d’établir des tendances sur les dynamiques de populations de ces espèces souvent vulnérables et d’identifier des priorités de conservation. À la mi-janvier, la majorité des espèces présentes sur leurs sites d’hivernage montrent une relative stabilité spatiale. Les effectifs recensés sont à leurs minimums, ils sont donc les plus à même de représenter le nombre d’individus susceptibles de se reproduire les années suivantes.
Globalement, après avoir fortement progressé, les effectifs totaux d'oiseaux d'eau sont stables depuis plusieurs décennies. Les stationnements hivernaux des grands échassiers (Ex: Grande Aigrette, Spatule blanche, Cigogne blanche, Grue cendrée) connaissent la plus forte augmentation. De façon moins marquée, les limicoles progressent aussi depuis le début des suivis. Les anatidés, eux, montrent des tendances très contrastées. Les plus forts déclins s’observent majoritairement chez les canards plongeurs (e.g. Fuligule milouin, Eider à duvet) et les grèbes (e.g. Grèbe jougris, Grèbe à cou noir).
Les réserves naturelles créées dans les années 1980 autour des zones humides remplissent aujourd’hui un rôle majeur dans l’accueil des limicoles ou des canards. Grâce à leur statut de protection et aux projets de conservation et de gestion mis en place, elles offrent de bonnes conditions d’hivernage aux espèces migratrices. La Camargue, la Réserve naturelle de Moëze-Oléron et le lac du Der-Chantecoq restent ainsi les 3 sites les plus importants en France pour les oiseaux d'eau.