Les grottes et cavités sont les milieux de prédilection des différentes espèces de chauves-souris qui les utilisent presque toute l’année, à différentes étapes de leur cycle de vie. L’hiver est une période critique pour les chauves-souris : c’est la période à laquelle elles entrent en hibernation. Tout réveil accidentel peut leur être fatal, car la dépense énergétique induite ne pourra pas être compensée par la consommation d’insectes, absents à cette période. En été, les chauves-souris se rassemblent en maternité parfois importantes pour mettre bas et élever leurs petits. Les rares cavités qui accueillent des colonies de reproduction sont très fragiles et très sensibles au dérangement (mouvement de panique, risque de mortalité des jeunes et abandon du site).
Il n’est pas rare pour le spéléologue d’observer une chauve-souris accrochée la tête en bas lors de l’exploration d’un trou. Elles sont d’ailleurs facilement repérables aux tas de guano que l’on retrouve au sol sous elles.
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